Мечеть была построена Шекинским ханом Мамедхусейном в 1769/70 годах ( 1183 по хиджре). В определенные периоды мечеть действовала как медресе.  Длина мечети 46 метров, ширина 10,80 м, высота 4,50 м, а высота минаретов 18 метров. Выставочный зал  ханской мечети, находящейся в двухэтажной постройке, относящейся к 19 веку состоит из 3 экспозиционных залов.  На первом этаже выставляются предметы материальной культуры, относящиеся к 18 веку.  В представленном здесь электронном киоске можно найти материалы по истории Шекинского ханства на азербайджанском и английском языках.  На втором этаже располагаются различные примеры ковроткачества, нумизматики и искусства «щябякя», так же оружие, относящееся к 18 – 19 векам.  Один из основных залов музея – комната хана.  Эта комната посвящена Щекинскому хану  Мухаммед Хусейну. Здесь  представлены ханский трон, копия ханского знамени, перламутровая шахматная доска, а так же музыкальный инструмент «Уд», использованный Ханом Мухаммед Хусейном на культурных мероприятиях, организованных Муштагом.